ArchR https://www.archrproject.com/ Analyzing single-cell regulatory chromatin in R. This package is designed to streamline scATAC analyses in R. www.archrproject.com -> R package for processing and analyzing single-cell ATAC-seq data. Error ~~~ ** testing if installed package can be loaded from final location ** testing if installed package keeps a record of temporary installation path * DONE (..

서두 RDKit을 사용할 때, Smiles, InChI형식 등에서 mol object를 만든 후 jupyter notebook 상에서 여러 분석을 할 수 있는 경우가 많다. 보통 필자는 python list에 여러개의 mol object를 넣고 관리 하며 작업한다. 본문 만약 매우 많은 수의 mol object를 저장해야 한다면? rdkit의 mol object다수 저장하는 형식이 .sdf 형식이다. END로 한 mol의 마지막이 표시되어 있고, $$$$로 구별을 한다. 다음 mol object가 붉은 네모박스 이외에도 계속 나열되어 있다. .sdf로 저장하려면 다음과 같이 하면 된다. #Import packages from rdkit import Chem #Do writer = Chem.SDWriter..

서두 LAIDD(https://www.laidd.org/)의 [2023] protein data bank 분석(https://www.laidd.org/course/view.php?id=155) LAIDD(Lectures on AI-driven Drug Discovery) www.laidd.org 한국제약바이오협회, 인공지능 신약개발 지원센터, 책임 연구원 홍승환님의 강의 와 관련된 글입니다. 본문 [2023] protein data bank 분석강의에서 3강 실습을 따라하는 와중에 pdb download관련 code가 없는것 같아 직접 짠것을 공유. 1.https://dunbrack.fccc.edu/pisces/ https://dunbrack.fccc.edu/pisces/ PISCES: A Protein..

하려던 것. 자고 일어나서 미리 설정해 놓은 MySession을 Load 해서 PuTTY에 접속하려 함 https://reconstructone.tistory.com/2 참조 Error 다음과 같은 문구가 뜸. 처음엔 위와 같은 문구가 뜨더니 다음번 부터 위와 같은 문구가 뜸. (Ref. 1)을 따라해 보기로 했음. (base) hanjg@DESKTOP:~$ dpkg -l | grep ssh ii libssh-4:amd64 0.9.6-2ubuntu0.22.04.1 amd64 tiny C SSH library (OpenSSL flavor) ii openssh-client 1:8.9p1-3ubuntu0.3 amd64 secure shell (SSH) client, for secure access to rem..

하려던 것. ssh terminal "Xming"(Ref. 3)을 활용하여 WSL2 즉, Ubuntu환경에 remote접속하고(내 윈도우 데스크탑 컴퓨터의 WSL, Ubuntu) Linux창에서 어떤 apprication실행 시 GUI창을 띄우고 싶다. https://youtu.be/7wVX-9XkasM?feature=shared ssh terminal PuTTY 상에서 WSL2(Ubuntu) 연결하기. (Ref. 1과 함께 따라해보자.) 위 동영상에서 필자는 Session 탭에서 위와 같이 적었으며. X display location에 :0.0 localhost:0.0 등을 입력하지만(Ref. 3, 4) 필자는 입력하지 않아서 잘 작동했다. 즉, 오히려 입력하면 Gtk-WARNING **: [~]: c..